九里香全长转录组测序分析

目的:获得九里香Murraya exotica L. Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样selleck激酶抑制剂品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结果:共获得94 435个转录本,平均长度为76 476.23 bp,80 583条环形一致性序列,通过聚类、校正和去冗余后最终得到108 443个高质量的isoforms,其中在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt共注释了100 219个isoforms,同时检测出34 182个简单序列重复(SSR)位点,其中18 482个单核苷酸数量占主导位置;检测了2574个转录因子,29 592个长链非编码RNAs (lncRNAs)和30 322个mRNAs。结论:获得了较为可靠的九里香全长转录组数据,为深入研究九里香的生长发育、相关代谢途径、功能基因利用、基原物种PS-341核磁鉴定等提Autoimmune blistering disease供数据参考。