西瓜是一种重要的园艺植物，近年来饱受病毒病危害。为明确西瓜病毒病害病原，对采自山西太谷区表现花叶、皱缩等症状的西瓜叶片进行小RNA深度测序，同时利用RT-PCR的方法并结合生物信息学的手段，综合分析造成西瓜花叶、皱缩症状的病毒病原。结果表明，表现皱缩、花叶症状的西瓜样品被瓜类蚜传黄化病毒（cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV）、甜瓜潜隐病毒（cucumis melo cryptic virus,CmCV）、西瓜病毒A(watermelon virus A,WVA)、西瓜皱叶病毒2号（watermelon crinkle leaf-associated virus2,WCLaV2）和黄瓜绿斑驳花叶病毒（cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV）5种病毒复合侵染。利用RT-PCR的方法分别扩增获得5种病毒的外壳蛋白（coat protein, cp）基因序列，进一步通过序列相似性分析和系统进化分析发现，本研究获得的西瓜CABYV分离物CABYV-SXJZ(GeneBank登录号：OP957280)核苷酸序列与中国南瓜CABYV分离物InnerMongolia(GeneBIACS-10759抑制剂ank登录号：EU262627)的核苷酸序列相似性最高，达到100%；西瓜WVA分离物WVA-SXJZ(GeneBank登录号：OP957281)核苷酸序列与同样来自中国瓠瓜WVA分离物WVA-Huizhou(GeneBank登录号：MK292710)和西瓜WVA分离物WVA-KF15(GeneBank登录号：KY363796)核苷酸序列相似性最高，分FG-4592浓度别达到93.6%%和99.9%;WCLaV2分离物WCLaV2-SXJZ(GeneBank登录号：OP957282)核苷酸序列与WCLaV2巴西西瓜分离物Ju-01(GeneBank登录号：LC636075)核苷酸序列相似性性最高，达到99.6%；本研究首次从西瓜上获得的CmCV分离物CmCV-SXJZ(GeneBank登录号：OP957283)核苷酸序列与中国甜瓜分离物CmCV-HLJ(GeneBank登录号：MH479773)的核苷酸相似性高达99.9%；本研究获得的CGMMV分离物CGMMV-SXJZ(GeneBank登录号：OP957284)核苷酸序列与CGMMV分离物GDLZ(GeneBank登录号：MK933286)、CG038(GeneBank登录号：MH271443)、CGMMV-pXT1(GeneBank登录号：KY753929)、e WT(GeneBank登录号：KY753928)、C284R(GeneBank登录号：KY753927)、CGMMV-XG(GeneBank登录号：KP868654)、JD2(GeneBank登录号：KM873785)和Anhui(GeneBank登录号：KTprotamine nanomedicine236095)核苷酸序列相似性最高，均达到99.8%。