基于生物信息学分析冥想对抑郁症的表观遗传机制

目的:本研究旨在基于生物信息学分析冥想对抑郁症的表观遗传机制。方法:利用GeneCards获取表观遗传和抑郁症靶点,冥想使用GSE174083数据集,利获悉更多用R包”venn”对表观遗传、抑郁症和冥想相关基因进行比对,以获得三者的交集基因,并对交集基因进行KEGG和GO富集分析。利用R包”venn”对Degree、LASSO、SVM和RF算法筛选出的基因取交集,将其定义为枢纽基因。分析枢纽基因的ROC曲线、表达差异、转录因子和构建ceRNA网络hepatic haemangioma。结果:将表观遗传、抑郁症和冥想相关基因进行比对,发现133个交集基因,其中85个基因显著上调,48个基因明显下调。在KEGG通路分析中,富集显著的信号通路主要为代谢途径、RNA转运、PI3K-Akt信号通路等,富集显著生物过程(GO_BP)主要集中在DNA结合转录因子活性的负调控等。通过将Degree、LASSO、SVM和RF算法筛选出的基因取交集,识别出3个交集基因,分别为HDAC6、RPL7和RPS15A,将其定义为枢纽基因。ROC分析结果显示HDAC6、RPL7和RPS15A曲线下面积分别为0.667、0.630和0.638,提示其具有中等的诊断价值。确定了3个miRNA:hsa-miR-141-3p、hsa-miR-762和hsa-miR-518a-5P;3个LncRNA:RP11-83JNJ-42756493分子式0F9.6、HP09025和CTD-2521M24.5。E2F1为HDAC6和RPS15A共有预测转录因子。结论:本文从表观遗传学角度出发,对冥想治疗抑郁症作用机制进行研究,以期为体育运动防治抑郁症的临床应用提供新视角。