基于刺五加的不同药用部位NSC125066根与叶转录组测序，分析差异表达基因。采集刺五加根和叶两部分，提取RNA并构建cDNA文库，利用Illumina Hiseq高通量测序平台进行测序。根据FDR≦0.01和FC≧2的标准筛选DEG，对差异表达基因进行功能注释，基于注释信息，分析关键酶在刺五加根与叶中的表达差异。结果：共得到37.87 Gb Clean Data，Q30碱基百分比在92.61%及以上，组装后共获得56 966条Unigene。与各数据库比对后，共获得31 116条Unigene的注释结果，按照标准筛选后得到13 607个DEGs，显著上调的基因有6 404个，显著下specialized lipid mediators调的基更多因有7 203个，且具有显著性差异。进行GO注释与KEGG富集，分别有6 723个差异基因获得GO注释，6 424个差异基因富集到124个KEGG代谢通路。本研究分析了刺五加不同组织的基因表达差异，为其有效成分合成途径及其应用奠定基础。