目的：比较杠板归不同部位代谢物积累的差异，为揭示杠板归不同部位化学成分与功效的相关性，和制定杠板归质量评价方法提供参考。方法：利用非靶向代谢组学方法检测杠板归茎、叶、果中代谢物，采用主成分分析和正交偏最小二乘-判别分析等多元统计分析方法筛选出差异代谢物，利用KEGG平台对差异代谢物进行富集分析。结果：从杠板归茎、叶、果中共鉴定出442个成分，其中酒石酸、L-苹果酸、N-α-乙酰基赖氨酸、L-谷氨酰胺、2-氯-L-苯丙氨酸、哌啶酸、2-甲基丙醛、甜菜碱、2-苯乙醇、L-丝氨酸等为茎、叶、果中共有的优势成分。杠板归茎、fatal infection叶、果的代谢物BLZ945供应商质差异Alisertib价格显著，茎和叶、茎和果、叶和果的差异代谢物数量分别为724、573、583个。果中黄酮类成分橙皮素、金丝桃苷、高良姜黄素、根皮苷和紫杉醇的含量显著高于茎和叶，而木犀草素-7-葡萄糖苷、异鼠李素、黄芩素和槲皮素-3-O-葡萄糖苷含量显著低于茎和叶。茎、叶和果的差异代谢物主要富集在氨酰tRNA生物合成通路、精氨酸生物合成通路、乙醛酸和二羧酸代谢通路上。结论：杠板归茎、叶、果之间有大量差异代谢物，对药效可能具有重要影响，研究结果可为杠板归药材质量评价提供参考。