黄缨菊(Xanthopappus subacaulis C.Winkl.)是菊科(Asteraceae)、黄缨菊属(Xanthopappus)的一种多年生药用草本植物,主要分布于p53 immunohistochemistry青藏高原及其毗邻地区的高山草甸和干燥山坡,具有耐寒、耐旱、耐盐碱等诸多耐逆特性,兼具凉血、止血等药用价值。目前,有关黄缨菊的研究主要集中于生物学特性、化学成分、药理活性、耐逆生理、系统发育及种群历史动态等方面,而尚未见基于SSR分子标记探讨遗传多样性的研究。黄缨菊作为具有多种抗逆性的药用植物,开发潜力巨大。因此,很有必要利用多种分子标记对黄缨菊进行群体遗传结构和遗传多样性研究。据此,本研究首先采用单分子实时测序技术对黄缨菊进行全长转录组测序,并利用多种数据库完成基因功能注释,分析SSR位点的分布、类型和特征,筛选具有多态性高、稳定性好的SSR分子标记;在此基础上,选取黄缨菊40个居群200个个体进行遗传多样性和群体遗传结构研究,旨在为黄缨菊开发利用、遗传育种及多样性保护提供参考资料。主要研究结果如下:⑴利用PacBio Sequel测序平台完成黄缨菊的全长转录组测序,原始数据去冗余后获得46 100个Unigenes,Nr数据库比对显示黄缨菊与刺苞菜蓟(Cynara cardunculus)同selleck GSK2118436源性最高;GO数据库中有14 735条Unigenes成功注释到3大一级分类、92个二级分类;KEGG代谢途径分析有16 699条Unigenes被成功注释到5个一级通路、34个二级通路;同样,KOG数据库中有33 487条Unigenes成功注释到25大类中;同时,预测到52 898条CDS序列、1 791条转录因子、966条转录调控子和179条长非编码RNA。⑵使用MISA软件检测黄缨菊Unigenes的SSR位点,发现其中12 303条Unigenes含有16 441个SSR位点,发生频率为26.69%,平均分布距离为7.35kb;黄缨菊SSR位点核苷酸重复类型丰富,具有单核苷酸至六核苷酸6种重复类型,其中三核苷酸重复类型占比最多(36.77%),其次为二核苷酸重复类型(30.36%),AG/CT和ATC/ATG分别是二核苷酸和三核苷酸重复类型的优势基元;利用Primer Premier 5软件设计145对黄缨菊SSR引物,从中筛选出15对多态性高和稳定性好的引物进行毛细管电泳检测,这些引物共在黄缨菊200个个体中检测到102个等位基因,多态性比例为100%,多态性信息含量(PIC)介于0.381-0.839之间,均值为0.635。⑶通过对黄缨菊40个居群遗传多样性分析,表明其等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)的平均值分别为1.640和1.461,Shannon’s信息指数(I)均值为0.442;观测杂合度(Ho)均值为0.544,期望杂合度(He)均值为0.467,其中17个居群的He大于0.5,说明它们的遗传多样性较高;青海茶卡盐湖至甘肃二龙山以北的黄缨菊居群重要遗传多样性指标大于以南的居群;居群间遗传分化系数(Fst)的平均值为0.642,基因流(Nm)为0.167,分子方差分析(AMOVA)发现其遗传变异主要来源于居群间(60%),个体间遗传变异较小(40%),表明居群间基因交流不频繁,遗传分化较大。⑷根据ΔK和ln P(D)值计算得到最佳K值为2,通过STRUCTURE分析发现,当K=2时黄缨菊居群可以被划分为两个明显的遗传谱系分支,其中Group1主要包括祁连山脉和青海湖地区的22个居群,Group 2主要来自阿尼玛卿山脉和横断山脉的18个居群,祁连山脉东部、青海湖南部与阿尼玛卿山脉北部的居群存在显著的基因渐渗,这些结果也得到UPGMA聚类分析和PCo A分析的支持;Mantel检验结果显示Nirogacestat抑制剂,地理距离明显影响黄缨菊居群间的遗传分化,山脉、湖泊等天然地理屏障严重阻碍了黄缨菊居群间的基因交流。