新型冠状病毒（SARS-CoV-2）BA.2亚谱系BA.2.12.1表现出令人担忧的传播能力。为了了解深圳本地与输入的BA.2亚谱系分布与遗传特征，本研究对2022年1-6月深圳市BA.2亚系变异株进行了全基因组序列分析。通过高通量测序，本研究获得了155例本土、30例输入共185株覆盖度98%以上的BA.2亚型毒株的基因组序列。185株BA.2亚型毒株可分为BA.2.2、BA.2.3、BA.2.9、BA.2.10、BA.2.10.1、BA.2.12.1和BA.2.29七种亚型，其中BA.2.2占比最高（92.97%, 172/185），其他亚型占比从高到低依次为BA.2.10.1 (2.70%, 5/185)、BA.2.10 (1.62%,Pidnarulex 3/185)、BA.2.9 (1.08%, 2/185)、BA.2.3 (0.54%, 1/185)、BA.2.12.1(0.54%, 1/185)及BA.2.29(0.54%, 1/185)。172株BA.2.Empagliflozin2亚型变异株中，本土及中国香港输入各153株（88.95%）和19株（11.05%）。序列比较分析发现，153株深圳本土BA.2.2毒株与19株中国香港输入BA.2.2毒株共享69个核苷酸变异位点和52个氨基酸变异位点（不包括缺失突变）。根据单核苷酸变异位点特征，153株深圳本土BA.2.2毒株至少可以分为6条传播链。与特征性突变相比，1株美国输入的受关注BA.2.12.1变异株在N区多了一个P383L氨Suppressed immune defence基酸变异位点。深圳本地与输入的BA.2亚系变异株呈现出了高基因组多样性特征，开展SARS-CoV-2关切变异株与亚谱系毒株的分子监测，对新型冠状病毒感染（COVID-19）疫情的溯源与防控具有重要意义。