先天性胆管扩张症恶变相关的潜在生物标志物的筛选与分析

目的:基于mRNA高通量测序技术探讨与先天性胆管扩张症(CBD)恶变相关的潜在生物标志物,并探索其参与的分子机制。方法:本研究选取2021年6-12月住院的CBD患儿和同期健康体检者各9例,对CBD组和Normal组18例血清学样本进行m RNA高通量测序,首先通过提取其血清学样本中的总RNA,并对样品RNA质检,建库测序以及评估以获得可靠的基因表达数据。然后通过对R语言环境的搭建,对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析进行可视化处理。最后结合P_(adj)和log_2Fold Change的值,参考相关差异基因与网络中其他基因的互作关系,将相关基因在Gene Cards数据库检索和查阅后选取5个的差异基寻找更多因作为本研究的关键基因。最后采用RT-q PCR验证关键基因在CBD组和Normal组mFecal microbiome RNA的表达水平,并绘制受试者工作特征(ROC)曲线来评价关键基因的诊断性能。结果:CBD组和Normal组共存在1799个差异基因,其中与CBD恶变相关的癌基因有96个,包括上调基因56个,下调基因40个。GO富集分析显示:差异基因表达产物在质膜的细胞质侧、异源三聚体G蛋白复合物、GTP酶复合体、质膜信号受体复合体等细胞组成方面扮演重要角色,主要参与细胞-基质粘附、上皮细胞增殖、血小板活化、JAK-STAT的受体信号传导通路等生物过程,在分子功能方面,差异基因显著富集在蛋白质异构化活性、细胞因子受体结合、转录核心调控因子结合、转录辅助调控因子结合等方面。KEGG通路富集分析显示:差异基因在癌症中的转录失调、PI3K-Akt信号通路及人类巨细胞病毒感染相关的通路中显著富集。结合P_(adj)和log_2Fold Change的值,参考相关差异基因与网络中其他基因的互作关系,将相关基因在Gene Cards数据库检索和查阅后选取5个的差异基因作为本研究的关键基因(TRAF4、LPAR6、GLI1、CAV2、ATF1)。最后通过RT-q PCErdafitinib molecular weightR,ROC曲线以及文献检索的结果显示:LPAR6,CAV2均具有较好的诊断价值。结论:1、在CBD组与Normal组中,TRAF4、LPAR6、GLI1、CAV2、ATF1基因的m RNA相对表达水平具有统计学意义。其中TRAF4、LPAR6、GLI1、CAV2基因RT-q RNA与RNA-seq预测结果一致。2、LPAR6,CAV2有望成为预测CBD恶变倾向或诊断CBD恶变发生的潜在生物学标志物。